妄念的緣起
人類的思想與外界互動以及苦樂的感受都來自於腦，那麼腦不就是我們生命與生活的核心嗎? 我們的腦從六億年前開始演化, 最早是後腦包括腦幹區與小腦也就是原始腦，它協調著各種與生存有關的呼吸, 消化, 生殖，運動以及思考功能，後腦的上方是中腦(情緒腦，邊緣系統)，處理的是記憶, 學習以及經歷，譬如說視丘,下視丘, 海馬以及杏仁核，這個區域發展的晚一點, 大約是在一億五千萬年前，大腦呢? 是人腦最大的主成部分，大腦皮質是人腦中最新的構造，處理有意識的思考、語言、感官認知 以及為其他腦部提供指令，大腦分成額葉也就是頭部的前方，頂葉頭部的上方，枕葉頭部的後方，以及顳葉也就是頭部的兩側等四葉，每一葉都有明確的功能，這些部位互相溝通建立一個錯綜複雜的平衡和協調的機制，其中數百億個神經元攜手合作就像演奏美妙音樂的管弦樂團一樣，腦在身體的重量只佔2% 但它消耗的能量卻是20%，為了滿足它大量的能量需求，人腦有長約10萬英里的血管吸收身體20%的氧氣供應。
突觸是神經元延伸出去的組織與其他的神經元連接，單一神經元最多可以提供7000個突觸並用這種方式跟數以千計的其他的神經元建立網絡，當你傳遞訊息來刺激某個神經束時，突觸的數量就會增加，不到一個小時的反覆地傳遞資訊、突觸連結的數量可以翻倍成長，如果你停止使用某個神經路徑, 它們就會萎縮，經過大約三週後, 腦會注意到你不再經由哪條路徑傳遞訊息，就會開始拆解構成該路徑的細胞 也就是說你常用的腦區會變大更快的傳遞訊息，而不用的腦區就會萎縮。
我們的腦有千億個細胞彼此連接作用形成超過一千兆個突觸的接頭來回運作回應各種環境變化，這些突觸頭不斷的重組來因應人類無所不在的大腦思考，這些作用帶給我們巨量的行為、習慣以及性格，也帶給我們巨量的情緒，快樂以及痛苦，更帶給我們身心健康以及不健康的挑戰，妄念帶來貪嗔癡慢疑，產生惡劣的情緒與念頭，覺性與覺知則帶來清淨、安定、平常的心，情緒會輕安喜悅。
華盛頓大學神經科學家Marcus 發現我們大腦後扣帶皮質區與契前葉區域在大腦專心工作的時候不會發生作用，但是一旦我们停下來，這个區域就会開始活躍，他也發現當我們專心做事時, 大腦的網絡處於使用理智腦的狀態, 但是當我們停下來休息不做事的時候, 大腦很快進入了DMN(Default Mode Network)的模式，這種模式會讓我們的大腦開始連結原始腦與情緒腦並開始胡思亂想，讓我们的腦在想法、情绪、影像以及過去的記憶之间不停地跳动, 就好像猴子在樹間不停的跳動一样，而且会喚醒很多过去不好的記憶, 導致我们大脑理智作用的降低，情绪惡劣產生恐慌。先聖先賢很早就意識到DMN会带来的問題，所以發展了各種方法訓練大家將心安定在事上或是安定在身體與動作上，讓心與正在做的事情上連結，各種宗教的祈祷、持咒、唸聖號、讀誦經典、禮拜、唱誦、看話頭等等方法都是借助這些方法讓自己的大腦減少進入DMN狀態的方法。天主教的聖人聖方濟各曾經說過"如果心走神或分心了就溫柔地把它拉回來，即使你一整個小時甚麼也沒做，只是一直把心帶回來，雖然每次你帶領它回來，它還是會離開，但是你的時間完全沒有浪費掉", 聖方濟各說非常好, 只要我們保持覺知就可以溫柔地持續地把心帶回來, 而不再掉入情緒妄念的陷阱, 也就是不再掉入DMN的狀態。DMN一旦啟動它會帶來一連串的憂慮跟累積的念頭，而且情況還會更糟，它有一個非常豐富的神經網路連結到其他的腦域, 透過這些連結, 會忙碌地開始招募其他的腦區響應它的自我偏執，並且徵用大腦的執行長(也就是大腦皮質，理智腦)損害各種理性行為能力包括記憶、注意力、靈活度、自制力以及擬定計劃和解決問題的能力。DMN也會活化腦島，腦島有一些特殊的神經元會因為我們對他人的情緒(例如憎恨、尷尬、欲望和蔑視等)而被觸發，我們因此不只產生負面的想法，也會在情緒上感受到，開始重播我們曾經在人際關係歷過的所有輕視、侮辱及失望，那麼幾分鐘前在禪修靜坐或休息中體驗到的平靜就會遭遇到摧毀。